Početci organiziranog školstva u Jezerima datiraju od 1905. godine kada je započela sa radom jednorazredna mješovita osnovna škola. Zgrada u kojoj se održavala nastava, a u kojoj se održava i danas, nalazi se u blizini župne crkve Gospe od Zdravlja i naslanja se na župni dvor.

Prema zapisnicima sa sjednica Nastavničkog vijeća, koji su vođeni sredinom 30-tih godina, a koji se nalazi u arhivi škole, može se saznati kako je ova zgrada crkveno vlasništvo te da je izgrađena upravo za namjenu u koju se koristi.

Zgrada škole u Jezerima je već sredinom 30-tih godina bila trošna, a situacija se nakon rata još pogoršavala. Djelomičnom uređenju prišlo se 1969. godine kada je jezerska Mjesna zajednica samodoprinosom mještana to izvršila. Do obnavljanja školske zgrade došlo je i 1988. kada je uređeno i igralište ispred škole. Najveće obnavljanje zgrade je imala u ljeto 2007. godine kada je Županijski ured u Šibeniku odvojio oko 200 tisuća kuna za novo krovište, fasadu i uređenje unutrašnjosti zgrade te su i međuostalim drveni podovi zamijenjeni betonskim pločama.